PS3のHDDを大容量の物に交換する場合に納得行かない事が１点あります。
（ver2.42時点での話しです）
それは大容量のHDDを積むとシステムが使用する領域が肥大するのです。
これはHDD容量が大きければ大きいほどシステム使用も増えていきます。
（つまり初期状態での空き容量が減る事になります）

以下にフォーマットされた初期状態での空き容量をHDD容量で纏めてみました。
HDD容量：空き容量/全体容量（システム確保領域容量） 全体に占める割合
320GB：263GB/298GB（35GB） 0.1174
300GB：247GB/279GB（32GB） 0.1146
250GB：206GB/233GB（27GB） 0.1158
160GB：130GB/149GB（19GB） 0.1275
120GB：97GB/111GB（14GB） 0.1261
60GB：47GB/55GB（8GB） 0.1454
40GB：31GB/37GB（6GB） 0.1621
20GB：14GB/18GB（4GB） 0.2222

この数値から一つの計算を仮定してみた。
2G+HDD容量の10%がシステムで確保されていると考えてみるとかなり近い数字になる。
（誤差入れれば同じと考えても問題ないレベル）
HDD容量 （システム確保領域容量）2G+HDD容量の10%
320GB：（35GB）34GB
300GB：（32GB）32GB
250GB：（27GB）27GB
160GB：（19GB）18GB
120GB：（14GB）14GB
60GB：（8GB）8GB
40GB：（6GB）6GB
20GB：（4GB）4GB

PS3は何故にこの様に無駄に領域を確保するのか？
謎は深まるばかりです・・・
（この件で再度SCEへメールにて問い合わせを行っています）

2008/08/23追記：
SCEよりメールにて回答がありました。
やはりシステム的に２G＋１０％を確保しているようです。
個人的には１０％は無駄な確保だと思いますが「仕様」ということなので割り切る他ありません。
今後のファームアップにて改善されることを期待しています。
以下、メールより一部抜粋

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
PLAYSTATION 3（PS3）では、ご指摘の通り、
システムソフトウェアのアップデートで使われる容量として2GB、
システム予約領域として使われる容量としてハードディスク（HDD)容量の
約10%をあらかじめ確保しております。

システム領域は、空きクラスタ(空き容量)の管理および
パーティションやその他細かい管理に必要なものとなっており、
PS3の仕様となりますのでご了承いただきますようお願いいたします。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
※メールの内容の転載について禁止とは書かれていないので
転載しておりますがSCE様的に内容が不味ければ
問い合わせで返信を頂いたメールアドレスまでご連絡下さい。

注意：HDDの換装は自己責任でお願いします。
　　　　データが復旧出来ない可能性があるばかりかPS3自体破損の可能性があります。

新型PS3(40G版)のHDD換装を行うことにしました。
本当は250Gと値段もあまり変わらない320GのHDDに換装するつもりでしたが
TWO TOPに行ったらWD3200BEVTが売り切れていたので
容量足りなくなったら未だ見ぬ500Gが登場し
（この記事を書いた時点で既にSAMSUNGからHM500LIという2.5インチ9.5mmの500Gが既に出ていました。まあSAMSUNGのHDDを購入するつもりはありませんが・・・）
安くなった頃にでも換装すればいいかと思い
WD2500BEVSを購入（WD2500BEVSは既にPS3への換装実績があり）
※PS3ではSATA接続のHDDを購入する必要があります。
　またPS3では7200回転などの高速なHDDを接続しても発熱が増えるだけで
　体感速度は殆ど上がらないという報告が多数あるので7200回転は避けた方がいいかも知れません。

換装に当たってまずやるべき事はバックアップ。
バックアップはPS3のメニューにあるので
FAT32でフォーマットされた適当なUSBメディアを繋ぎ実行。

次にPS3の公式サイトよりアップデート用のファイルをDL。
PS3アップデート公式
そしてそのファイルをこれまた適当なUSBメディアに保存。
保存する場所は自分で作成の必要あり。
/USBメディアのルート/PS3/UPDATE
このUPDATEフォルダの下にDLしたファイルを置いておきます。

準備が出来たらいざHDD交換。
HDDの交換方法はPS3の付属品の説明書(?)に書かれているので省略。
（ノートPCのHDD交換の経験がある人なら２分もあれば換装可能かと）

電源を入れるとコントローラーをUSB接続してPSボタンを押せと出ます。
素直にPSボタンを押しましょう。
するとシステムの起動が出来ない～とのメッセージが出ます。
アップデートファイルの入ったUSBメディアをPS3のUSBに挿していることを確認しSTARTとSELECTボタンを同時に押します。
アップデートファイルのチェックが終わるとフォーマット＆アップデートを行うのでOKならSTARTとSELECTボタンを同時に５秒以上押せと出ます。
その後はメッセージに従ってアップデートを実行していけばHDDのフォーマットとPS3のシステムファイルの更新は正常に終わると思います。

PS3が正常に起動するようになれば初期設定を行い
システムのリストアを行えばバックアップ時の状態に復旧出来ます。
これでPS3のHDDの換装は終わりです。
流石に交換方法がマニュアルに書いてあるくらいなので換装は超簡単ですね！

※換装後、リストア前に空き領域を確認しましたが既に20G以上が使用されている事になっていました。
40GのHDDの初期状態ではそんなに使用されていなかったのでPS3のシステムが確保する領域は全体の％で計算されて確保されているのかも知れません。
どう考えても無駄に領域を取ってるとしか思えないです。
修正来ないんですかね・・・

追記：SCEに空き容量についてメールで問い合わせてみました。
以下、メールの返信から抜粋
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Ver.によって空き容量は変動します。
Ver.1.10以降全て同じという訳ではなく、換装したHDDの基本容量に相応した使用量となる可能性がございます。
————————-
基本容量に相応した使用量となる「可能性」があるそうです。
技術(開発)部門に問い合わせればすぐに分かると思うのですが「可能性」という言葉で終わっちゃいました・・・
単純に空き容量の計算方法が新旧混じってて引き算した為に見かけ上そうなっているのか
本当にシステムやSWAPなどの領域が多く確保されているのかは分かりません。
PS3に積んだHDDにファイルを置いていき空き容量がどう変動するのかを確認すれば
どちらの理由でそうなるのか判断出来ると思いますが面倒なので放置です（笑）
（計算が新旧で計算されていたとすると最後マイナスになっちゃうので無駄に領域が確保されている可能性が高いと思う）