※この作業を行うには端末のroot権限を取得する必要があります。

GALAXY S4もS3と同じく、一般的なスマホと戻るボタンの配置が逆です。
なので、今回もボタンの配置を変更します。

編集の対象となるファイルは以下です。
/system/usr/keylayout/Generic.kl

今回はESファイルエクスプローラーを使用して変更をします。

まず、ESファイルエクスプローラーにroot権限を与えてください。

次に設定画面のｒｏｏｔエクスプローラーの項目オンにします。

rootエクスプローラーの文字の部分をタップし詳細設定に入ります。
詳細設定からR/Wマウントをタップします。

タップしたらマウントの変更をするパスの一覧が表示されます。

/systemをRO(ReadOnly)からRW(ReadWrite)に変更します。

これを行わないと/system配下は読み取り専用のままとなり、ファイルの書き換えが出来ません。
書き込み可能にしたら、最初に書いた/system/usr/keylayout/Generic.klのファイルを開きます。

あとは以下の値を変更します。

変更前
key 139 MENU
key 158 BACK

変更後
key 139 BACK
key 158 MENU

変更後に保存して再起動すればボタンの配置が逆になります。

ボタンの内容を入れ替えても、ボタンのLED点灯は右が戻るのままなので
気になる場合は、ボタンのLED自体を消しちゃえば気になりません。

「設定」-「ディスプレイ」-「タッチキーライト消灯時間」を「常にOFF」にすれば消えます。

※端末をroot化すると保証が切れます。
自己責任で行ってください。

SC-04Eの最新ファーム（SC04EOMUFNI3）でroot化しました。
（Android5.0.1 Lollipop版での注意点は一番下に追記してます）
手順は既にまとめられたサイトがあったので、そのサイトを参考にしました。
※ここに書いてる内容は基本的に参考にしたサイトと同じ内容です。

参考サイト
SC04Eをroot化・CWMの導入をしてみた(NF6にて)。

まずは必要なファイルをDL。

OdinのDL先
（私は3.09を使用しました）

sc04e_cwmrecovery_v6.0.4.9.tar.md5
UPDATE-SuperSU-v2.01.zip
stock_recovery.tar.md5

Odinの使い方が分からない方は以下のサイトを参考にしてください。
Odinの使い方

１．CWMを端末に焼く
Odinを起動してPDAボタンを押して「sc04e_cwmrecovery_v6.0.4.9.tar.md5」を選択。
（Odin3.09の場合はPDAではなくAPボタンとなります）
Odinを起動したPCとUSBケーブルで接続し、 DLモードで起動する。
（DLモードの起動は音量↓ボタンとホームボタンを押したまま電源ON）
Odinが端末を認識したらStartボタンを押下。

これでCWMの導入は終了。

２．SuperSUを焼く
CWM（Clockworkmod）の使い方は以下のサイトを参考にしてください。
【CWM】Clockworkmod(クロックワークモッド：CWM)の起動と操作・使用

上記サイトの「Clockworkmodでのファイルインストール方法（install zip）」を参考にUPDATE-SuperSU-v2.01.zipを導入します。

先に本体の本体内部ストレージ直下にUPDATE-SuperSU-v2.01.zipをコピーします。

CWMを起動します。
（CWMの起動は音量↑ボタンとホームボタンを押したまま電源ON）

CWMで「install zip」を選択。
続いて「choose zip from /sdcard」を選択。
「0/」を選択。
「UPDATE-SuperSU-v2.01.zip」を選択。
「Yes – Install UPDATE-SuperSU-v2.01.zip」を選択。

終わったらメニューの最上位まで「Go Back」を選択して「reboot system now」を選択。

これでSuperSUの導入は終了です。

本体のGooglePlayの設定で自動更新をONにしていると
SuperSUまでアップデートされてしまうので後々問題が出ないように
SuperSUの自動更新はOFFにしておいた方が良いかもしれません。

root化自体はこれで終了です。
但し、お財布携帯などは使えないので、これらを使いたい場合は更に作業します。

３．Stock Recoveryを焼く
焼き方自体はCWMを焼いた時と同じ方法です。

ですが、その前に端末の電源をOFFにして、バッテリーパックを１回外します。
（これをやらないと端末のステータスが「オフィシャル」に戻らないケースがあります）

電池パックを抜いてセットしたらstock_recovery.tar.md5をOdinで焼きます。
再起動すれば端末のステータスが「オフィシャル」になってると思います。

但し、CWMは使えない状態に戻っているので、CWMを使いたい場合は更に作業が必要です。

４．CWMを使えるようにする
sc04e_cwmrecovery_v6.0.4.9.tar.md5を解凍するとrecovery.imgが取り出せます。
取り出したrecovery.imgを端末の外部SDカードの直下にコピーします。

次にコマンドプロンプトからADBを起動します。
（PCにAndroidSDKと端末のUSBドライバを入れ、端末のUSBデバッグをONにする必要あり）

コマンドプロンプトからUSBデバッグ経由でshellを起動します。

adb.exe shell

$ su

# dd if=/storage/extSdCard/recovery.img of=/dev/block/mmcblk0p21

処理が終わったら端末を再起動すれば終了です。

参考にしたサイト様に感謝。

2015/10/12追記
Lollipop(Android5.0.1)がリリースされたので早速入れてみました。
root化も上に書いている手順で全く問題なく可能でした。
但しSuperSUはバージョン2.46を使用してroot化しています。
UPDATE-SuperSU-v2.46.zip

また、今までの方法ではWIFIでのテザリングは出来なくなりました。

更に追記
テザリングも一応可能となりました。
GALAXY S4 SC-04EでMVNO SIM使用時にテザリングを有効にする（Android5.0.1 Lollipop版）

GALAXY S4（SC-04E）の最新ファームでもroot化が出来るようなので買ってみました。
（つい先日SC-06Dをroot化したばかりなのに・・・）

root化自体はそれほど苦労なく終了。
（但し現状ではTriangleAwayを使ってカウンターリセットは出来ない模様）
テザリングは少々面倒だったけど終了。
「戻る」と「設定」ボタンの入れ替えも終了。
（この辺りは後日記事として書くかも）

で、一番気になってた「スリープから勝手にロック画面が表示される問題」も
なんとか解決することが出来ました。
※ファーム「SC04EOMUFNI3」で確認。
（端末に一切手を触れていなくても起きる現象で、起きる頻度もバラバラという・・・）

最初に試したのは各種設定を変更することでした。
結果、どんなに設定を変えても、やはり勝手にスリープ状態からロック画面が表示さる・・・

次にAppOpsというアプリを使って権限を剥奪したりしてみました。
（Android4.4.2ではroot化してないとAppOpsは動きません）
現象が出た直後にAppOpsでkeep awakeの項目が0分になってるアプリを探し出し
keep awakeの権限を剥奪してみました。
しかし、それでも現象は収まりませんでした。

どうやっても現象が収まらないので、半ば諦めかけてた時
おもむろにワンセグのアンテナに手を伸ばすとロック画面がONに。

あれ？と思い画面を消した状態でアンテナを伸ばしてみる。
するとスリープ状態からロック画面がONに。

また画面を消してアンテナを収めると・・・
スリープ状態からロック画面がONに。

アンテナの状態が変わるとAndroidOSになんらかの通知が行くようです。

そこでアンテナを最大長と収納状態に何度が出し入れし
しっかりと収納してみたところ、ロック画面がONになる現象が収まりました。

何らかのアプリのせいだと思っていましたし、そもそも端末に一切手を触れなくても
勝手にロック画面がONになるので、物理的なアンテナが関係あるとは思いもしませんでした。

この現象が出てる方は他にもいるようで、アンテナ以外にも原因があるかもしれませんが
困ってる方は一度試してみる価値はあるかと思います。

2014/01/24 追記
この方法で一時的に収まっても、何らかのきっかけで再び現象が起こる端末があるようです。
（起こっても再びアンテナを出し入れすれば暫くは収まる）

私の端末では対処後は一切起こらなくなりましたが、再発する人のために調査してみました。

某掲示板にて
「アンテナON/OFFのキー自体を無効にしたらどうだろう？」というレスがあったので
どこにキーがあるか調べて返信しておきましたが、実際に自信の端末で
アンテナON/OFFのイベントが無効になるか試してみました。
※これから書く方法はroot権限の取得と/systemの書き込み可能マウントが必要です。

該当ファイルは/system/usr/keylayout/sec_dmb_key.klになります。

変更前
key 539 DMB_ANT_OPEN WAKE_DROPPED
key 540 DMB_ANT_CLOSE WAKE_DROPPED

変更後
# key 539 DMB_ANT_OPEN WAKE_DROPPED
# key 540 DMB_ANT_CLOSE WAKE_DROPPED

これをコメントアウトして端末を再起動すれば、アンテナを出し入れしても
スリープからロック画面が表示されることがなくなりました。

但し、何もしてないのにロック画面になる現象が再発しないかは
私の端末がそもそも再発しなくなったので確認できません。

再発する人は試して報告してもらえると助かります。