Apache2をバージョンアップしてみたところIndexesでファイルの一覧を表示しているページが文字化けを起こしました。
内部CharsetはUTF-8でAddDefaultCharsetもUTF-8、apache2/conf.d/charsetもUTF-8
ついでにphp.iniのDefaultChasetもUTF-8でなぜ文字化けするのか理解不能でした。

調べてみると同じ症状になった方がいるようですね。
一応http://www.apache.org/dist/httpd/CHANGES_2.2.6に書かれていますがなんとも（笑）
※既にリンク先のサイトはなくなっているようです

*) mod_autoindex: Add in Type and Charset options to IndexOptions
directive. This allows the admin to explicitly set the
content-type and charset of the generated page and is therefore
a viable workaround for buggy browsers affected by CVE-2007-4465
(cve.mitre.org). [Jim Jagielski]

本来は/conf/extra/httpd-autoindex.confを書き換えるのですがDebian標準インストールでは
Apache2.confに書いてあるので直接弄っちゃいます！

Apache2.confの セクションの以下の行に Charset=UTF-8を足せばOKです。
※UTF-8の部分はご自分の環境のCharsetで書き換えてください。

変更前
IndexOptions FancyIndexing VersionSort HTMLTable NameWidth=*
変更後
IndexOptions FancyIndexing VersionSort HTMLTable NameWidth=* Charset=UTF-8
↑次の行ではなく一行で書きます

当然ながら変更したらApache2を再起動してください。
再起動後にIndexesなページを再表示したら文字化けが解消されてました！