Linuxのメモリ使用量の計算は単純にusedではなく
メモリ使用量＝total － (free + buffers + cached)　と計算するようです。

そこでmrtgのメモリ部分の設定を以下のように変更しました。

Target[memory]: 1.3.6.1.4.1.2021.4.5.0&1.3.6.1.4.1.2021.4.3.0:public@localhost
– 1.3.6.1.4.1.2021.4.6.0&1.3.6.1.4.1.2021.4.4.0:public@localhost
– 1.3.6.1.4.1.2021.4.14.0&1.3.6.1.4.1.2021.4.1.0:public@localhost
– 1.3.6.1.4.1.2021.4.15.0&1.3.6.1.4.1.2021.4.1.0:public@localhost

これでバッファやキャッシュを引いた実メモリの使用量が正しく表示されるようです。