いよいよ問題のiptablesコンパイルです。
まずはiptablesのソースをwebから取得します。
Iptables-1.3.8
ソースを適当な場所に解凍します。
そのままコンパイルすれば普通にビルドされます。
しかしエラーが出て動きません！（apt-getでのinstallと同じエラーが出ます）

これを解決するのに調べに調べてあるサイトに辿り着きました。（マジで情報少なくて苦労しました・・・）
ARM gcc バッドノウハウ集
このサイトの「8. EABI と legacy ABI」にgccコンパイル時のオプション指定方法が載っているじゃないですか！
（このサイトには本当に感謝しています）

コンパイル時にgccのコマンドオプションにEABIな事を伝えれば良いようです。
gcc -mabi=aapcs-linux
ではMakefileにこの設定を反映させる方法はと・・・
先頭行にこの一行を追加してください。

CC = gcc -mabi=aapcs-linux

こうすることでmakeした時に自動的に $(CC) を gcc -mabi=aapcs-linux に置き換えてくれます。
早速コンパイル開始です！
何のエラーも無く無事コンパイルが終了しました。
ではmake install してインストールしましょう。
depmod -a & 再起動後にiptablesが動くか確認してみます。

iptables -L

上のコマンドでエラーが出なければ無事コンパイル＆インストールは完了です！

ここまで来るのに一週間くらいは考え込んじゃいました(笑)