PS3のHDDを大容量の物に交換する場合に納得行かない事が１点あります。
（ver2.42時点での話しです）
それは大容量のHDDを積むとシステムが使用する領域が肥大するのです。
これはHDD容量が大きければ大きいほどシステム使用も増えていきます。
（つまり初期状態での空き容量が減る事になります）

以下にフォーマットされた初期状態での空き容量をHDD容量で纏めてみました。
HDD容量：空き容量/全体容量（システム確保領域容量） 全体に占める割合
320GB：263GB/298GB（35GB） 0.1174
300GB：247GB/279GB（32GB） 0.1146
250GB：206GB/233GB（27GB） 0.1158
160GB：130GB/149GB（19GB） 0.1275
120GB：97GB/111GB（14GB） 0.1261
60GB：47GB/55GB（8GB） 0.1454
40GB：31GB/37GB（6GB） 0.1621
20GB：14GB/18GB（4GB） 0.2222

この数値から一つの計算を仮定してみた。
2G+HDD容量の10%がシステムで確保されていると考えてみるとかなり近い数字になる。
（誤差入れれば同じと考えても問題ないレベル）
HDD容量 （システム確保領域容量）2G+HDD容量の10%
320GB：（35GB）34GB
300GB：（32GB）32GB
250GB：（27GB）27GB
160GB：（19GB）18GB
120GB：（14GB）14GB
60GB：（8GB）8GB
40GB：（6GB）6GB
20GB：（4GB）4GB

PS3は何故にこの様に無駄に領域を確保するのか？
謎は深まるばかりです・・・
（この件で再度SCEへメールにて問い合わせを行っています）

2008/08/23追記：
SCEよりメールにて回答がありました。
やはりシステム的に２G＋１０％を確保しているようです。
個人的には１０％は無駄な確保だと思いますが「仕様」ということなので割り切る他ありません。
今後のファームアップにて改善されることを期待しています。
以下、メールより一部抜粋

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PLAYSTATION 3（PS3）では、ご指摘の通り、
システムソフトウェアのアップデートで使われる容量として2GB、
システム予約領域として使われる容量としてハードディスク（HDD)容量の
約10%をあらかじめ確保しております。

システム領域は、空きクラスタ(空き容量)の管理および
パーティションやその他細かい管理に必要なものとなっており、
PS3の仕様となりますのでご了承いただきますようお願いいたします。
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※メールの内容の転載について禁止とは書かれていないので
転載しておりますがSCE様的に内容が不味ければ
問い合わせで返信を頂いたメールアドレスまでご連絡下さい。